Lesy v současnosti pokrývají asi 66 % území CHKO.

V předkulturním období tvořily husté smíšené lesy převážně buk (40 %), jedle (23 %) a smrk (14 %), méně se uplatňovaly jasan, javor klen, javor mléč, jilm, dub, lípa a další druhy dřevin. Nejrozšířenějším typem přirozeného lesa byly tzv. květnaté a bikové bučiny, v nižších teplejších oblastech acidofilní doubravy, podél vodních toků olšiny.

Začátkem 18. století byla zavedena mýtní těžba na velkých plochách a lesy musely být obnovovány uměle. Vysazovány byly především smrk a borovice. Výsledkem je výrazná změna v současné druhové skladbě lesních porostů, zastoupení smrku dosahuje až 60 % a jedle bělokorá z lesních porostů téměř vymizela. Přirozené a polopřirozené lesy s převahou buku, jilmu, javoru, jasanu aj. se zachovaly jen v obtížně přístupných polohách, zpravidla ve vrcholových partiích hor. Tyto cenné partie jsou zařazeny do tzv. I. zóny s nejpřísnějším režimem ochrany a představují pouze 6 % lesních porostů.

Hlavním cílem ochrany přírody je posílení ekologické stability lesních porostů vyšším zastoupením původních druhů lesních dřevin a ochrana rozmanitosti rostlinných a živočišných druhů, které zde žijí. Tato opatření se realizují ve spolupráci s Lesy ČR z prostředků Programu péče o krajinu MŽP.