Bílé Karpaty se nacházejí na rozhraní hned tří biogeografických provincií, díky čemuž mají z hlediska možného osidlování různými organismy ideální polohu. Kromě přírodních faktorů ovlivnil druhové složení svým dlouhodobým hospodařením také člověk. Svou činností umožnil, že se do Bílých Karpat mohla šířit celá společenstva živočichů, která by zde bez jeho vlivu nenašla dostatek vhodných stanovišť.

Současná fauna Bílých Karpat je velmi bohatá a na našem území z mnoha ohledů jedinečná. Vycházíme-li z poznatků o dobře probádaných skupinách, lze předpokládat, že se v oblasti Bílých Karpat vyskytuje nejméně 20 tisíc druhů živočichů, z toho alespoň 16 tisíc druhů hmyzu.

Tesařík alpský v detailu.Květnaté louky Bílých Karpat hostí velice bohatou faunu a představují důležité útočiště pro několik desítek vzácných a ohrožených druhů hmyzu. Žije zde např. pestře zbarvený krasec uherský, z motýlů je zde typický perleťovec dvouřadý, různé druhy můr, píďalek aj. V celém pohoří je hojně pozorován křižák pruhovaný a kudlanka nábožná. Solitérní staré duby ve větších lučních komplexech podmiňují hojný výskyt roháče obecného a celé řady jiných vzácných brouků prodělávajících vývoj ve dřevě.

V lesních porostech vyšších poloh žije mnoho bezobratlých živočichů, typických pro karpatské lesy. Např. měkkýš modranka karpatská, z brouků např. lesák rumělkový nebo střevlík hrbolatý lovících svou kořist v lesních bystřinách.

V okolí lidských sídel v jižní části území žijí motýli pestrokřídlec podražcový nebo největší motýl České republiky martináč hrušňový.